Kalksteilhänge
Die hochliegenden Kalkschichten des Untergrunds treten in Steilküsten aus der Steinzeit an vielen Stellen zu Tage. Die hier anzutreffenden Pflanzen unterscheiden sich stark von der Flora der Dünenheiden und Dünenwälder.
Hier wachsen zum Beispiel das Graue Felsenblümchen, verschiedene Enzianarten, Steppen-Aschenkraut und nicht zuletzt der Dünen-Augentrost, der weltweit nur in Nordjütland vorkommt.
Die Dünenschutzwälder
Die ersten Anpflanzungsversuche von Bäumen im westlichen Teil von Thy wurden 1816-20 unternommen. Leider misslang das Vorhaben, aber um die Jahrhundertmitte fand man neue Methoden und ausländische Baumarten wie die Bergkiefer, die im sandigen, salzigen und windigen Klima gedeihen konnten.
Seitdem sind viele andere Nadelbaumarten aus fremden Gefilden zwischen die Bergkiefern gepflanzt worden. Und heute ist eines der Ziele des Nationalparks, artenreichere Wälder mit einheimischen laubabwerfenden Bäumen und einem natürlicheren Wasserstand zu schaffen.
Naturpflege
Die Natur in den dänischen Dünenheiden ist verletzlich. Die größte Bedrohung ist das Eindringen invasiver Arten von insbesondere Nadelbäumen und Kartoffel-Rose. Auch zurückliegende Entwässerungsmaßnahmen sowie die Zufuhr von Stickstoff aus der Luft wirken sich auf die Dünenheide nachteilig aus.
Zur Förderung der ursprünglichen Dünenvegetation werden diese Teile beweidet. Auch zielgerichtete Rodung oder Brandrodung der Vegetation wird von Zeit zu Zeit vorgenommen. Die Beweidung erfolgt unter anderem mit Haustieren, doch auch ein wachsender Bestand an Rothirschen trägt dazu bei, die Dünenheiden im Nationalpark Thy zu schützen.
Der natürliche Wasserstand in den offenen Dünenlandschaften wird laufend wiederhergestellt durch Rückbau von Drainagen und Gräben. In gleicher Weise soll die forstwirtschaftliche Nutzung naturnaher gestaltet werden, was perspektivisch zum Erhalt stabiler artenreicher Wälder mit hohem Erholungswert beiträgt.